現在的(dí)高(gāo)通(tōng)量測(cè)序平台(tái)（主要(yào)是(shì)illumina）在(zài)直(zhí)接測序(xù)時隻能測出(chū)200bp長(cháng)度(dù)的(dí)序(xù)列，因此建(jiàn)庫(kù)方(fāng)案是將DNA片段化(huà)為200bp，然(rán)後(hòu)深度(dù)測序後，最(zuì)後將序列(liè)拼(pīn)接。我(wǒ)公(gōng)司自(zì)主研(yán)發(fā)的非接(jiē)觸(chù)聚能(néng)式(shì)超聲波DNA打斷(duàn)儀可以(yǐ)在(zài)不接觸(chù)樣(yàng)品的情(qíng)況(kuàng)下隔(gé)著EP管(guǎn)將(jiāng)細胞(bāo)DNA鏈至打(dǎ)斷至(zhì)200bp或(huò)是更(gēng)小。
實(shí)驗目的： 將收集的(dí)細胞(bāo)DNA片(piàn)段化
實驗樣品(pǐn)： 鼠(shǔ)源(yuán)乳(rǔ)腺癌4T1細(xì)胞(bāo)
實驗儀器：非接觸(chù)聚能(néng)式超聲(shēng)波DNA打(dǎ)斷儀
打(dǎ)斷條(tiáo)件：低溫4度，打斷(duàn)20s，間隔3s
實驗步驟：
1. 取1皿(mǐn)細胞（10 cm平皿(mǐn)），加入(rù)37%甲醛(quán)，使(shǐ)得(dé)甲醛(quán)的(dí)終濃度(dù)為(wéi)1%。
2. 37℃孵育10 min。
3. 終止交聯(lián)：加甘(gān)氨酸至(zhì)終濃度為(wéi)0.125 M。450 ul 2.5 M甘(gān)氨酸於平皿(mǐn)中。混(hùn)匀後(hòu)，在(zài)室溫(wēn)下(xià)放(fàng)置5 min即可。
4. 棄培(péi)養(yǎng)基(jī)，用(yòng)冰(bīng)冷的PBS清洗細(xì)胞2次。
5. 細胞刮刀收(shōu)集細胞於(yú)15 ml離心管中（PBS依次(cì)為5 ml，3 ml和(hé)3 ml）。預冷後(hòu)2 000 rpm 5 min收集(jí)細(xì)胞。
6. 倒(dǎo)去上清(qīng)。按照細(xì)胞(bāo)量(liáng)，加入(rù)一定體積的(dí)SDS Lysis Buffer。再加(jiā)入(rù)蛋(dàn)白(bái)酶(méi)抑製劑(jì)復合物。
7.將低(dī)溫(wēn)循(xún)環水槽開啟(qǐ)降溫至(zhì)0℃
8.將程(chéng)序調(tiáo)製循環模(mó)式，超聲20秒(miǎo)停3秒(miǎo)，總(zǒng)時間設(shè)置40分鐘
9.啟動(dòng)機器至超(chāo)聲結束
10.加解交(jiāo)聯試劑65℃過(guò)夜(yè)解(jiě)交(jiāo)聯
11.將(jiāng)超聲過(guò)的(dí)樣品提DNA片(piàn)段(duàn)
12.1.5%瓊脂(zhī)糖凝膠(jiāo)電(diàn)泳
13.拍照(zhào)
超(chāo)聲後(hòu)提取DNA跑焦後的(dí)效果(guǒ)圖：
