實驗條(tiáo)件(jiàn):
1.儀(yí)器(qì)型號:小(xiǎo)美超聲打(dǎ)斷儀,光(guāng)鼎Qsep1全(quán)自動核(hé)酸蛋白分(fēn)析(xī)係(xì)統
2.小美打斷儀樣品(pǐn)條(tiáo)件(jiàn)設(shè)置:功(gōng)率(shuài)100%;周期(qī)打20s停10s;0.2mL離(lí)心管,樣(yàng)本(běn)投入量300ng(50ul)
3.Qsep1核酸(suān)蛋白(bái)分析係(xì)統條(tiáo)件設置:S1高分辨率卡夾;20-1Kbp內參marker;26-622bp size marker;8kv分(fēn)離電壓
4.樣本類型:FFPE和(hé)全血 gDNA超聲(shēng)打(dǎ)斷樣(yàng)本

非接(jiē)觸超聲(shēng)波DNA打斷儀
需要(yào)將客戶提供(gōng)的FFPE gDNA樣(yàng)本打(dǎ)斷到350bp(主(zhǔ)峰(fēng))
在小(xiǎo)美(měi)打(dǎ)斷儀(yí)上設置(zhì)三(sān)個(gè)打斷(duàn)時間梯(tī)度:20min,15min,10min,打斷後(hòu)的樣本通過Qsep質(zhì)控(kòng)片段(duàn)分布(bù),最後確定打斷時間10min比較(jiào)合(hé)適(shì)。
在10min打(dǎ)斷時(shí)間(jiān)的條件下,打斷剩(shèng)餘(yú)9個FFPE gDNA樣本,每個(gè)樣本做兩(liǎng)個重(zhòng)復(fù),具(jù)體結果如下(xià):
FFPE gDNA原始(shǐ)樣本(打斷前(qián))

FFPE-打(dǎ)斷20min

FFPE-打斷(duàn)15min

FFPE-打斷(duàn)10min

FFPE2-1

FFPE2-2

FFPE2重復性(xìng)

FFPE3-1

FFPE3-2

FFPE3重復性(xìng)

FFPE9-1

FFPE9-2

FFPE9重復(fù)性

FFPE12-1

FFPE12-2

FFPE12重(zhòng)復(fù)性

FFPE29-1

FFPE29-2

FFPE29重(zhòng)復(fù)性(xìng)

FFPE30-1

FFPE30-2

FFPE30重復(fù)性

FFPE32-1

FFPE32-2

FFPE32重(zhòng)復(fù)性

FFPE33-1

FFPE33-2

FFPE33重復性(xìng)

FFPE36-1

FFPE36-2

FFPE36重復性

需要(yào)將客(kè)戶提供(gōng)的(dí)全(quán)血(xiě) gDNA樣本打(dǎ)斷到(dào)350bp(主峰)
在小(xiǎo)美打斷(duàn)儀(yí)上(shàng)設置四個打(dǎ)斷(duàn)時(shí)間(jiān)梯度(dù):15min,12min,11min,10min ,打斷後的樣本(běn)通(tōng)過Qsep質(zhì)控(kòng)片段分布,最(zuì)後確(què)定(dìng)打(dǎ)斷時間11min比較合適(shì)。
在11min打斷(duàn)時間(jiān)的條件下(xià),打斷剩餘(yú)1個全血 gDNA樣(yàng)本(běn),每(měi)個樣(yàng)本做兩(liǎng)個(gè)重(zhòng)復,具(jù)體結(jié)果如(rú)下:
全血 gDNA原始(shǐ)樣本(打斷(duàn)前)

血-打(dǎ)斷15min

血(xiě)-打斷(duàn)12min

血-打斷(duàn)11min

血-打(dǎ)斷(duàn)10min

血HNZ-1

血(xiě)HNZ-2

血(xiě)HNZ重(zhòng)復性
