實(shí)驗目(mù)的：將全(quán)基因組DNA樣品進行200-500bp區(qū)間的(dí)均一性片段化處理(lǐ)。
實驗儀(yí)器及材(cái)料：
1.實(shí)驗儀器：本次(cì)實驗選用(yòng)三(sān)款非接觸打斷儀器如(rú)下：小美超(chāo)聲-高(gāo)通量聲波基因組剪切儀，bioruptor-非接觸式超聲破碎儀，小(xiǎo)美(měi)超聲-聚(jù)能式超(chāo)聲波DNA打斷儀(yí)。
2.實(shí)驗材(cái)料：核(hé)酸濃度(dù)為(wéi)160 ng/μL的(dí)全基因組(zǔ)DNA溶液。
實驗(yàn)步驟：
1.提(tí)前(qián)15分(fēn)鐘將(jiāng)三款儀(yí)器(qì)的冷水(shuǐ)機啟動(dòng)，設置(zhì)溫(wēn)度(dù)為(wéi)4℃。
2.將(jiāng)每(měi)個(gè)愛思進(jìn)品牌的(dí)1.5 mL EP管加(jiā)入(rù)100 μL 濃(nóng)度為160 ng/μL的全(quán)基(jī)因組(zǔ)DNA溶(róng)液(yè)。
3.將(jiāng)2管(guǎn)裝好樣(yàng)品的(dí)1.5 mL EP 管分別(bié)放入三款儀器的適配器(qì)當中，其他(tā)空餘(yú)的孔(kǒng)位由加同(tóng)樣體積水的(dí)1.5 mL EP 管(guǎn)補齊。
4.程(chéng)序設置(zhì)：溫度(dù)4℃，超(chāo)聲(shēng)工作時間(jiān)20s 間(jiān)隔時間10s，總時長15分鐘和(hé)20分(fēn)鐘，二(èr)個梯度(dù)對比(bǐ)。
5.程(chéng)序(xù)結束後，取出(chū)樣品(pǐn)使用毛細(xì)管(guǎn)電泳進行基因(yīn)組片段化(huà)檢(jiǎn)測。
實驗結(jié)果(guǒ)：
1.小美(měi)超(chāo)聲-高(gāo)通量(liáng)聲波(bō)基因(yīn)組(zǔ)剪(jiǎn)切(qiē)儀(yí)
①程序設置：溫(wēn)度4℃，超聲工作(zuò)時間(jiān)20s 間(jiān)隔時(shí)間10s，總時(shí)長15分(fēn)鐘
平均(jūn)片段大小(xiǎo)：310.0 bp
| 片段(duàn)範(fàn)圍(wéi) bp | 占(zhān)比 % |
| 25-100 | 4 |
| 100-200 | 21.3 |
| 200-500 | 64.7 |
| 500-904 | 10 |
②程(chéng)序設置：溫(wēn)度(dù)4℃，超聲工作(zuò)時(shí)間20s 間(jiān)隔10s，總時長20分鐘
平均片(piàn)段大(dà)小：300.1 bp
| 片(piàn)段(duàn)範圍 bp | 占比(bǐ) % |
| 25-100 | 4.2 |
| 100-200 | 22.7 |
| 200-500 | 64.3 |
| 500-904 | 8.8 |
2.bioruptor-非(fēi)接觸式(shì)超聲破碎儀
①程(chéng)序設(shè)置：溫度(dù)4℃，超聲工作(zuò)時間20s 間(jiān)隔(gé)時間(jiān)10s，總(zǒng)時(shí)長15分鐘
平均片段(duàn)大小：432.9 bp
| 片(piàn)段範圍 bp | 占比 % |
| 24-100 | 1.4 |
| 100-200 | 7.8 |
| 200-500 | 58.3 |
| 500-891 | 32.5 |
②程(chéng)序設(shè)置：溫度4℃，超(chāo)聲工作時(shí)間20s 間(jiān)隔時間(jiān)10s，總(zǒng)時長20分(fēn)鐘
平均(jūn)片段大小：405.8 bp
| 片段範(fàn)圍 bp | 占(zhān)比 % |
| 24-100 | 1.5 |
| 100-200 | 9.5 |
| 200-500 | 63.2 |
| 500-904 | 25.8 |
3.小(xiǎo)美(měi)超聲-聚能(néng)式(shì)超聲波DNA打斷(duàn)儀
①程(chéng)序(xù)設置：溫(wēn)度4℃，超聲工作(zuò)時(shí)間(jiān)20s 間隔(gé)時間10s，總時長15分(fēn)鐘(zhōng)
平均(jūn)片段大小：365.5 bp
| 片段(duàn)範(fàn)圍(wéi) bp | 占比 % |
| 24-100 | 2.1 |
| 100-200 | 13.6 |
| 200-500 | 65.4 |
| 500-904 | 18.9 |
②程序(xù)設置：溫度4℃，超(chāo)聲(shēng)工作時間(jiān)20s 間隔(gé)時(shí)間10s，總時長(cháng)20分(fēn)鐘(zhōng)
平均片段大小：388.1 bp
| 片段範(fàn)圍(wéi) bp | 占比(bǐ) % |
| 24-100 | 1.9 |
| 100-200 | 12.3 |
| 200-500 | 62.2 |
| 500-904 | 23.6 |
4.三款儀器(qì)實驗結(jié)果(guǒ)匯(huì)總(zǒng)
| 總時長15分鐘(zhōng) 200-500 bp區間占比 | 總(zǒng)時(shí)長(cháng)20分鐘(zhōng) 200-500 bp區間占比 | 峰圖趨勢(shì) | |
| 小美超聲-高通(tōng)量(liáng)聲波基(jī)因組(zǔ)剪(jiǎn)切儀 | 64.7% | 64.3% | 平緩 |
| bioruptor-非(fēi)接觸式(shì)超聲破(pò)碎儀 | 58.3% | 63.2% | 陡(dǒu)坡 |
| 小美超(chāo)聲-聚能式超(chāo)聲(shēng)波(bō)DNA打(dǎ)斷儀 | 65.4% | 62.2% | 陡坡 |
注：當(dāng)基(jī)因組(zǔ)片(piàn)段(duàn)在(zài)200-500 bp區間占(zhān)比(bǐ)越(yuè)高(gāo)，峰(fēng)圖越(yuè)平緩(huǎn)狀(zhuàng)時，說(shuō)明(míng)基因組(zǔ)片段(duàn)的(dí)均(jūn)一(yī)性更(gēng)好，反之(zhī)亦然。
在(zài)樣(yàng)品(pǐn)，程序(xù)設(shè)定等(děng)條(tiáo)件相同(tóng)的(dí)情(qíng)況下(xià)，bioruptor的非接觸(chù)式(shì)超聲破碎儀(yí)和小美超聲的聚(jù)能式超(chāo)聲波(bō)DNA打斷儀在200-500 bp區間占(zhān)比分(fēn)別(bié)達到58.3%和65.4%，且二者(zhě)峰(fēng)圖呈(chéng)陡(dǒu)坡(pō)狀(zhuàng)，表(biǎo)明基(jī)因組片(piàn)段(duàn)化均(jūn)一(yī)性(xìng)差。
小美超(chāo)聲的(dí)高(gāo)通量(liáng)聲(shēng)波基(jī)因組剪(jiǎn)切(qiē)儀(yí)在(zài)200-500 bp區間(jiān)占比達(dá)到(dào)64.7%，峰(fēng)圖呈平緩狀，表明(míng)基(jī)因(yīn)組(zǔ)片(piàn)段(duàn)均(jūn)一(yī)性更好(hǎo)。